Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí: xác nạn nhân bị treo ngược lên các cột ăng-ten và nguyên nhân cái chết đều không xác định được. Yu và các bạn quyết định tìm cho ra sự thật với sự giúp đỡ từ chính bản ngã khác của họ: thực thể có tên gọi Persona.
